第一階段劇情的最后，主角在探索的過程中不斷發現更多蟲族猖獗活動的痕跡，并聽從指揮官的命令不斷探索。但在調查某個可疑地點的時候，主角的小隊突然遇到了大量的蟲族，倉皇之間想要撤退，但蟲海已經將他們完全包圍。

　　主角的小隊在激烈的戰斗之后，終于殺出一條路，與前來接應的小隊會和，但就在這時，地底下突然毫無征兆地鉆出來一條沙蟲，一下子咬住主角的左臂，將他拖入了地底。

　　主角跟自己的小隊...