故事緊接著上集。隨著威力巨大的核武器的驚天動地的爆炸聲，“罪孽深重”的整座拉科恩市瞬間就被從美國版圖上抹了下去。

　　生化危機：滅絕

　　生化危機：滅絕

　　不過，硝煙尚未散盡，已經有幾個幸存者踏上了自己的求生之路。機智勇敢的卡洛斯·奧利維拉、勇猛樂觀的L.J.、沿途被救下的性感的K瑪特、克萊爾·萊德菲爾德以及年輕的護士貝蒂一行五人艱難地向著北方的“潔凈之地”前行著。

　　與此同時，一直在拼盡全力努力著阻止僵尸

　　病毒的進一步傳染的愛麗絲也在一路與瘋狂的噬人僵尸的戰斗中，再次殺回了這座廢墟城市，希望能營救到一些生還的人士。而當她得知這一切可怕的災難都出自保護傘公司之手時，便下定決心要結束這可怕的一切。殺入保護傘公司總部，徹底清除陰險的艾爾伯特·維斯特和他的邪惡助手伊薩克斯博士。

　　但早有準備的伊薩克斯已然為愛麗絲準備好了一切：強壯成群的僵尸、各種殺人陷阱、以及更令人毛骨悚然的可以在瞬間毀滅數百萬正常人的最新型的T病毒……

　　不過，愛麗絲并非孤軍作戰。先前的五人“亡命”小組最終加入了愛麗絲懲惡揚善的隊伍，一同奔著陰森可怖的保護傘公司的總部殺將過去。[2]