希瑞亞帶領艦隊沖向了智械軍團，智械軍團艦隊在上一次的大爆炸后還沒完全恢復過來，艦隊正在緩慢集結，就又遭受了一次星際艦隊的大規模自毀式跳躍，四萬五千艘戰艦全部隨著希瑞亞沖鋒，恐怖的爆炸再次發生在周圍星域，這一次，智械軍團只殘存一萬多艘戰艦。
希瑞亞保存下來艦隊火種，她把所有新上艦的學員和實習艦員全部調離，讓他們集中到五千艘戰艦上，下達了最后的任務，火種計劃，他們殘存的五千艘戰艦，分散到各個人類殖民地聚居區，保護那里的居民，如果遭到大規模襲擊，第一時間帶離盡可能多的人離開，不要戀戰，不要正面沖鋒，一定要保存實力，保存人類的火種。
現在希瑞亞已經犧牲，留下的眾人一時間沒有最高指揮者，智械軍團殘存的戰艦再次集結過來，此時塞拉爾行星上，果達王子向著星際艦隊所有成員廣播，讓大家趕快離開，完成大艦隊長希瑞亞的命令，這里，塞拉爾最后的戰士會抵擋一切，當人類第一次告知塞拉爾要突襲智械主腦本體時，全體塞拉爾意識都同意了，這是最后也是最好的辦法，智械軍團已被更高級的文明利用，如果不及時消滅，將來迎來災難的不僅僅是人類。
一萬艘塞拉爾戰艦啟航，艦首頂著由韓路鐵墻計劃制造的特殊六邊形材料，原來自從鐵墻計劃完成，人類一度認為已經屏蔽智械軍團主腦的一切信號，沒想到后來的觀測研究發現，智械軍團主腦依舊可以傳播信號指揮部分次級主腦，還試圖把包裹整個木林星的鐵墻計劃材料，全部電磁化，轉為主腦自己防御所用，人類索性拆除大半個包裹木林星的鐵墻計劃材料，留出大片星球地表，為此次深入突擊做工程準備和工程挖掘。
殘余的物質材料一塊塊圍繞著塞拉爾或者木林星軌道漂浮，此時正好被剛剛集結在塞拉爾上空的果達艦隊利用，全當防御盾牌，剩余的五千艘星際艦隊火種，決定執行希瑞亞最后的命令，但是在此之前，要到太陽系看最后一眼，萬一人類還有一點點勝利的希望。
就在希瑞亞帶領艦隊就義以前，地球上阿爾薩斯端木正在和韓路焦急通話，離阿爾薩斯和他科研人員突破智械軍團防火墻，再次釋放新的計算病毒，就差一點點了，正好智械主腦因為突擊隊的破壞陷入能力最低時刻，入侵整個智械軍團的指揮系統成為可能，阿爾薩斯端木會從保護空間鎖定裝置的智械戰艦最先開始入侵，意圖在第一時間讓所有空間鎖定裝置失效，這樣地球上早已待命的各個航天器，貨運和客運飛船等等，全部可以載人起飛，帶著更多的同胞撤離。
韓路決定立刻實施這個計劃，王鐵馬和希瑞亞的犧牲，他還沒告訴陳深海和賽睿德爾，現在除了阿爾薩斯端木的計劃，還有一個人的消息更為重要。
在太陽系防衛的最后五萬艘戰艦，開始了最后的周旋，智械軍團三十萬艘戰艦自然不會給星際艦隊太多時間，賽睿德爾在游擊戰斗中不間斷沖鋒，跟隨這位高大艦長的成員們，不斷把怒火灑向無情的機器戰艦，在損失兩萬艘戰艦后，竟然擊毀了智械軍團五萬艘戰艦，阿爾薩斯的計劃終于成功，那些負責保護空間鎖定裝置的最中央的智械軍團戰艦，全部行為混亂，然后開始互相攻擊，端木的系統病毒影響了十萬艘智械軍團戰艦。
空間鎖定裝置被一個個摧毀，殘存的智械次級指揮主腦們，不斷控制局勢，時間過去了五分鐘，還有數十個空間鎖定裝置穩定運行，韓路和陳深海最終決定，拼了最后一把，三萬艘戰艦沖向空間鎖定裝置和次級指揮主腦所在的敵艦中央，開始瘋狂輸出火力，剩余的艦載機全部出動，智械軍團再次陷入混亂，耀眼的激光相互交織，映射成艷麗的景象。
無數飛船從地球上起飛，一脫離大氣層的束縛，就立刻開起空間跳躍，在火星星域戰場上，智械軍團因為混亂病毒損失了十萬艘戰艦，又因為韓路和陳深海三萬艘戰艦的拼命沖擊，損失了五萬艘戰艦，只剩余兩個次級指揮主腦的智械軍團，把剩余十萬艘戰艦重新撤回到太陽系邊緣，星際艦隊的代價是慘烈的，韓路旗艦爆炸損毀，最終犧牲，三萬艘戰艦全部戰損，陳深海的旗艦被一道致命的激光穿透，艦體尾部又被智械軍團艦載機集火，爆炸的火光讓人睜不開眼睛，隨后戰艦不斷翻滾碰撞，陳深海也昏迷了過去，失去動力的旗艦墜落到火星帶的一顆小行星上。
在木林星里面，也就是智械軍團的主腦本體里面，齊洛和他的三千戰士協助著突擊部隊越來越深入，智械主腦本體不斷派出蜘蛛型機器人狙擊各個突擊隊攻前進，被英勇的突擊軍團戰士一一消滅，當然損失和犧牲是不可避免的代價，齊洛的戰士為救突擊隊同伴，被蜘蛛機器人切斷腿部，但是另眾人大吃一驚的是，這位英雄不僅僅是流出鮮血，還露出黑漆漆的不像自然骨頭的腿骨。
最終，齊洛向著突擊軍團指揮官冷云說了實話，原來，他，就是智械軍團主腦的一部分，他，來到地球已經一萬年，他，隱藏在地球隱藏在人類中間，這三千戰士，就是生化機器人，都是他往年的杰作，都是為了今天的一切行動，他，本就是智械主腦最后的理智和善念，是那群發明創造他們的科學家，灌注的最初人格和希望，那就是保護。
冷云陷入了深深的沉默，還有在一旁聽到這個真相的所有戰士，包括托勒密，已然是最后一搏，馬上就要到達星核位置，指揮官冷云明白，齊洛和他的戰士是值得信任的，但是他做出了命令，所有突擊軍團戰士全部跟隨齊洛一同前往，完成計劃，要么摧毀智械主腦，也就是星核，要么讓齊洛施展他的秘術，把智械主腦系統歸零。
在塞拉爾星上空，遙遠的星空上還能看到點點星光，果達看了一眼塞拉爾的身影，帶領著艦隊和眼前的一萬艘智械戰艦對決，智械軍團負責控制的只有一個被炸傷的次級主腦，一萬艘戰艦根本無法有效運行，果達順利的毀滅了它們，為王鐵馬和希瑞亞報了仇，他和所有塞拉爾戰士都在等待，等待星核毀滅，意識永恒消散。
在智械主腦里面，所有人第一次看到了星核，那是一個無法用語言形容的巨型圓球體，泛著柔和的綠色光芒，不斷旋轉，冷云讓所有人準備好了毀滅用的特殊炸彈，他已經失去指揮官韓路的消息，想必太陽系依舊危險，但是他還是給了齊洛最后一點時間，完成秘術，讓智械軍團主腦停止運行，從而不用毀滅塞拉爾，也拯救了人類自己。
正當五千艘火種艦隊被稚嫩的新人駕駛著躍遷到太陽系時，十萬艘智械軍團戰艦在他們對面緩緩排開陣勢，李林已經殺紅了眼，他的同伴瓦西里，陳星海，申如花也是如此，他們很幸運，在所有殘酷的戰斗中活了下來，他們已經知道了韓路大艦隊長做出的犧牲，他們已經得知阿爾薩斯端木發出的逃離廣播，他們已經知道地球撤離通道打開，沒有空間鎖定，但此時此刻，他們卻想著再打一場，消滅眼前的智械軍團。