在元朝，西域與中原重新統一。成吉思汗大規模地向外擴張。元帝國的建立使中原和西域聯成一體。西域之地大部在窩闊臺汗國和察合臺汗國之內。汗國是蒙古大汗的藩屬地，奉大汗為宗主，但對其領地內的事務有裁決權。天山南北綠洲地帶的城邦諸國則由元朝派官員直接管理。漠北蒙古的興盛以及對天山南北各地的統一管轄是新疆古代史上重要的政治事件，為西域的繁榮發展做出了卓越的貢獻。

元朝對天山南北各地的統一...